Los primeros datos del establecimiento, se encuentran en el año 1940 con la creación de la Escuela Urbana del corregimiento, en donde la primera profesora fue Doña María Soto.
En el año 1968, se creó el colegio mediante la ordenanza 33 del 30 de diciembre de 1.968. Empieza el primero de bachillerato, anexo al Instituto Departamental de Enseñanza Media “San José del Citará”. Éste grupo se formó con 23 alumnos y funcionó en el salón del centro de salud del corregimiento con su respectiva coordinadora la señorita Luz Elena Trujillo.
En 1974, se matricularon alumnos para primero y segundo de bachillerato que a los pocos días llegó la creación del grupo 2° con una nueva profesora Señorita Orfilia Hinestroza López quien era municipal.
En 1975, se matricularon 26 alumnos para 1° y 12 para 2° ° de bachillerato, se construyeron dos aulas para los respectivos grupos. A mediados del año se recibió la visita del jefe de distrito Doctor Cristóbal Lozano quien encontró el anexo bien organizado y dejó algunas orientaciones.
En 1976, se matricularon 24 alumnos para 1° y 27 para 2° ° de bachillerato; se presentó aumento de la matrícula inicial. Durante éste año se recibió la visita del supervisor Cerón Figueroa y se inició la dotación de la biblioteca con ayuda de la comunidad.
En 1977, se matricularon 40 alumnos para 1°, 17 para 2° ° de bachillerato y un proyecto de 27 para 3°; se consiguieron 25 pupitres bipersonales por medio de la Acción Comunal y el Comité de cafeteros. Además se nombró al profesor Luis Norberto Foronda.
En 1978, se matricularon 28 alumnos para 1°, 20 para 2° ° de bachillerato y 11 para 3°; funcionando con los siguientes profesores: Gladys Cecilia Galeano, Luis Norberto Foronda y Humberto A. Zapata. Se hicieron presentes los supervisores docentes Raúl Ortega y Gerardo Montoya, con el fin de diligenciar la pauta para el funcionamiento de la Institución, igualmente dieron algunas orientaciones sobre administración y legislación escolar.
En 1980, funciona la Escuela Juan Tamayo Gómez y cuatro grupos de bachillerato, se denomina Centro de Educación Alfonso López anexo al IDEM San José del Citará. Al finalizar. Al finalizar el año se recibió la resolución de aprobación de estudios de 6° a 9°.
En 1983 toma el carácter de Concentración Educativa Juan Tamayo. En éste año por desinformación de falta de estudiantes son trasladados los docentes de secundaria al IDEM San José del Citará. La situación se aclaró y con las gestiones de la comunidad se reabrió el 6° y 7° de bachillerato; y se empezó a proponer la necesidad de un rector en propiedad y en 1985 con el concurso del sacerdote, Junta de Acción Comunal, Junta de padres de familia, educadores y estudiantes lograron el nombramiento de la primera rectora la Licenciada Oliva Saldarriaga Gómez, a partir del 26 de agosto de 1985.
En 1987, se centran en la escogencia de la bandera y el escudo, diseñado por el alumno Roberio Betancur del grado 7°, quien ganó el concurso. Además mediante resolución 22039 del 22 de diciembre de 1987, se aprueban los estudios hasta 1989 inclusive.
El grado 10° inicio en el año 1.999 y la primera promoción fue en el año 2000, mediante resolución 10361 de 12 de diciembre de 2000.
En el 2001 se crea formalmente la educación de adultos, con la resolución departamental 10564 de 18 de diciembre de 2001.
En el año 2010, la Institución toma el nombre de Institución Educativa Rural Juan Tamayo mediante la resolución 0110448 de octubre 4 de 2010.
En el año 2011, Iniciamos el convenio de articulación de la Educación Media con el SENA en cultivos Agrícolas.
En el año 2012, Termina la primera promoción de técnicos en cultivos Agrícolas a través del convenio con el SENA La Salada de Caldas, Antioquia.
En el año 2014, La institución es reconocida como Colegio de innovación por la Gobernación de Antioquia y le entrega $ 200.000.000 para ser invertidos en la Institución. Además se le integran las sedes de Amaranto, Santa Librada, Isabel Vásquez, Caridad Pérez y La Lindaja a través de la resolución de reorganización número 135398 del 11 de diciembre de 2014.
En el año 2015, La institución recibe el reconocimiento dado por la Alcaldía municipal de ciudad Bolívar, con el Arriero de Oro.

En el año 2016, instalamos el Laboratorio del café como uno de los proyectos banderas de la institución. Recibimos la aprobación de la Media Técnica en Agropecuaria a través de la resolución 2016060093806 del 24 de noviembre de 2016
En el año 2017, recibimos la aprobación de la Jornada Única mediante la resolución 2017060094172 del 31 de julio de 2017.
En el año 2018, Iniciamos en forma a funcionar con la Jornada única.
En el año 2019; actualizamos el presente PEI teniendo en cuenta que existe una nueva realidad institucional partiendo desde la reorganización con cinco (5) nuevas sedes, la Jornada Única y la Media Técnica Agropecuaria en Convenio con el SENA de la Salada.